2025年10月

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  • 分类: 实验

CRISPRa（CRISPR activation）是一类把CRISPR技术从基因敲断工具转成基因上调工具的策略。核心思想是用失活但能定位的dCas9把转录激活因子准确送到基因的启动子或其他调控元件上，从而增强目标基因的转录。dCas9-VP64是最常见的CRISPRa架构之一。利用sgRNA将dCas9-VP64复合物定位到目标基因附近，VP64招募转录共激活因子或转录起始复合体，从而提高启动子的活性，促成更多的转录起始事件。

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  • 分类: 生信

HiC-Pro是一个成熟的Hi-C数据处理软件，负责从原始测序（FASTQ）到互作矩阵（contact maps）的一整套处理：mapping、过滤、fragment分配、生成validPairs、矩阵构建、质量控制等。它还包含多个实用脚本（utilities），用于downstream可视化或特定分析。make_viewpoints.py是一个轻量、直接把HiC-Pro的validPairs汇总为viewpoint-centric bedGraph（virtual-4C）的工具。

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